Criar uma árvore de arquivos com suas modificação e adições (gráficos, planos de fundo em visualizações, configurações de banco de dados e o próprio banco de dados, caso Derby) - Configure o Inno para descompactar a pasta sobre o ScadaBR sobrescrevendo e adicionando o que você precisar;
Se sua base de dados for MySQL, extrair um dump do SQL e configurar o InnoSetup para rodar o .sql na sua base local.
Caso precise criar usuário para conexão ou instalar o MySQL, faça isso de restaurar o dump da sua configuração.
A moral não é importar pelo JSON. Essa ferramenta é interna do ScadaBR e ainda não temos uma API para isso. Mas fazer pelo Banco de Dados é mais simples e rápido.